连花清瘟和奥司他韦都是治疗病毒性疾病的药物，两者的作用机制和适应症有所不同，因此效果也有所区别。

连花清瘟是一种中药复方制剂，由多味药材混合煎煮而成。其主要成分包括连翘、板蓝根、黄芩、菊花等。该药对多种病毒都具有较好的抑制作用，包括甲型流感、肺炎链球菌、副流感病毒、禽流感病毒等。除此之外，连花清瘟还具有解毒、消炎、镇痛等作用。因此，该药主要适用于病毒性感冒、流感、喉炎、支气管炎等呼吸道感染疾病的治疗。

奥司他韦是一种新型抗病毒药物，属于中枢神经系统抑制剂。它主要的作用机制是抑制病毒复制，对由甲型流感病毒和乙型流感病毒引起的病毒性感冒有很好的治疗作用。该药被认为是目前治疗流感最有效的药物之一，并广泛应用于全球各地的流感疫情的控制中。

综上所述，连花清瘟和奥司他韦都是治疗病毒性感染的药物，其适应症和作用机制有所不同，因此在治疗效果上也有所差异。对于一般病毒感染而言，连花清瘟可以发挥比较好的治疗作用；而对于严重的流感病毒感染，则奥司他韦是更为有效和适当的选择。需要根据个体情况和病情严重程度加以选择和运用。